Tahun 2020 Universitas Madura menjalin kerjasama dengan beberapa Perguruan Tinggi dalam rangka mewujudkan Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia tentang Kampus Merdeka. Adapun Program Studi yang merealisasikan program ini adalah Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (Program Studi Pendidikan Matematika) dan Fakultas Teknik (Program Studi Teknik Sipil).
Kedua program studi tersebut mengaktualisasikannya dengan menandatangani Memorandum of Understanding dalam bidang Pendidikan, Penelitian, dan Pengabdian kepada Masyarakat.
Di masa pandemi COVID-19 ini, kegiatan penandatangan dilaksanakan secara sederhana dan suasana kekeluargaan yang berlangsung di setiap lembaga.
Universitas Madura khususnya Fakultas Teknik (Program Studi Teknik Sipil) melaksanakan penandatanganan MoU dengan Institut Teknologi Malang pada tanggal 4 Oktober 2020 di Kampus Universitas Madura.
Program Studi Matematika melaksanakan penandatanganan MoU dengan Universitas Kanjuruhan Malang pada tanggal 8 November 2020 di kampus Universitas Kanjuruhan Malang, sekaligus mengadakan kegiatan Focus Grup Discussion (FGD) MBKM.